Para Suárez, la metafísica era la ciencia de las esencias reales (y de la existencia), aunque estaba preocupado sobre todo con el ser real y no con el conceptual, y con el ser inmaterial más que con el material. Sostuvo (junto con los primeros escolásticos) que la esencia y la existencia son las mismas en el caso de Dios (véase argumento ontológico), pero no estuvo de acuerdo con Tomás de Aquino y otros en que la esencia y la existencia de los seres finitos son realmente distintas. Sostuvo que en realidad no son más que conceptualmente distintas: en lugar de ser realmente separables, sólo pueden ser concebidas como lógicamente separadas.


Commentariorum ac disputationum in tertiam partem divi Thomae (1590).

Operis de religione (1625).
Sobre el tema polémico de los universales, se esforzó por seguir un camino intermedio entre el realismo de Juan Duns Escoto y el nominalismo de Guillermo de Ockham. Su posición está un poco más cerca de nominalismo que la de Tomás de Aquino. A veces se le clasifica como un nominalista moderado, pero su admisión de precisión objetiva (praecisio obiectiva) lo coloca con los realistas moderados. La única unidad verdadera y real en el mundo de las existencias es el individuo, al afirmar que el universal existe separado ex parte rei sería reducir las personas a meros accidentes de una forma indivisible. Suárez sostiene que, aunque la humanidad de Sócrates, no difiere de la de Platón, sin embargo, no constituyen una realiter y la misma humanidad, no son muchas unidades formales (en este caso, las humanidades), ya que hay personas, y estas personas no constituyen un hecho, sino sólo una unidad esencial o ideal («ita ut Plura individua, quae dicuntur esse naturae ejusdem, no sint unum quid vera entitate quae sentarse en rebus, sed solum fundamentaliter vel per intellectum»). La unidad formal, sin embargo, no es una creación arbitraria de la mente, sino que existe «in natura rei ante omnem operationem intellectus».