Con el propósito de unificar ambas escuelas filosóficas, se propuso traducir al latín las obras de Aristóteles y de Platón, pero no concluyó su proyecto: solo se conservan su traducción de las Categorías y del Peri hermeneias de Aristóteles y de la Isagoge de Porfirio. Étienne Gilson afirma que Boecio fue, para la escolástica medieval, por sus traducciones, comentarios y escritos, la principal autoridad en lógica de la Edad Media hasta que en el siglo XIII fue traducido al latín y comentado directamente el Organon completo de Aristóteles. En su obra principal realiza la distinción, que luego sería central para la escolástica, entre id quod est (todo el ente) y quo est o esse (aquello que hace que el ente sea).

Su obra más famosa es, sin embargo, Consolatio philosophiae, mencionada en la Edad Media como De consolatione philosophiae. Se trata de un diálogo entre el propio Boecio y Filosofía, personaje alegórico femenino que se le aparece a Boecio para aclararle el problema del destino, de por qué los malvados logran recompensa y los justos no. Filosofía intenta suavizar su aflicción demostrándole que la verdadera felicidad consiste en el desprecio de los bienes de este mundo y en la posesión de un bien imperecedero, que coincide con la Providencia universal que gobierna todas las cosas, concepto este que toma del Estoicismo. El tema se relaciona directamente con la caída en desgracia del propio Boecio, por lo cual se piensa que esta obra fue compuesta en la cárcel durante el largo año que pasó antes de ser ejecutado.

Este trabajo tuvo una gran importancia para la ulterior teología del Cristianismo medieval, pese a que tanto la metodología como la terminología que utiliza Boecio son meramente filosóficas y en ningún momento plantea la cuestión en términos de fe cristiana. Debido a que en su obra maestra, en prosa y verso, la Consolación, no cita en ningún momento a Jesucristo ni la Sagrada Escritura, ni explícitamente la fe cristiana, algunos historiadores en los siglos XVIII y XIX pusieron en duda el cristianismo de Boecio y la autenticidad de sus obras teológicas; demostrada ésta, la cuestión está definitivamente resuelta: