En el campo de la investigación histórica, fue el principal impulsor de la revisión de las bases de la historia peruana, haciendo una interpretación novedosa de los hechos. Su proyecto historiográfico atendió básicamente al final del imperio de los incas y su conquista por los españoles, aunque también ha estudiado en profundidad la rebelión de Túpac Amaru II de 1780-81.

Uno de sus grandes aportes fue acabar con la creencia de que la conquista española del Perú finalizó con la captura y muerte del inca Atahualpa en 1533; en tal sentido puso en su verdadera dimensión histórica la resistencia inca iniciada por Manco Inca, que expuso magistralmente en su libro La guerra de los viracochas (Lima, 1963)
La historia nos narra que el imperio incaico estuvo muy bien organizado pues los habitantes o incas eran unas personas muy nobles, trabajadoras y sabían administrar bien sus ejércitos, fueron los mejores guerreros o luchadores el imperio incaico era uno de los más ricos que cuenta la historia ya que tenían una gran riqueza en minerales como oro, plata, entre otros y esto no les interesaba a ellos ya que quizá nunca supieron el valor que tenían pues solo lo utilizaban como adornos sin saber que con el tiempo esos minerales se convertirían en la ambición de otros países y también nos habla de la agricultura pues eran buenos agricultores, tenían una cerámica muy importante y podían construir ciudades tan perfectas como si fueran hechas con ingenieros pues nunca se les hizo difícil construir y edificar cosas o ciudades las que hasta el día de hoy nosotros podemos apreciar.

Nuestros antepasados eran gente que también creían en dioses pues adoraban al sol a la tierra a la luna, etc. creían en mitologías o leyendas las cuales también fueron causa de haber hecho que ellos creyeron en dioses que algún día llegarían a nuestro país a salvarnos pero jamás descubrieron o contaron que esto dioses a los que ellos llamaron viracochas un día serían los que vendrían a destruir su imperio y nuestro futuro y tras el transcurso de muchos incas gobernadores desde Manco Capac hasta Huaina Capac el padre de Atahualpa y Huáscar pues el imperio incaico prospero de una manera extraordinaria pero a la muerte de este quedaron de herederos Atahualpa y Huáscar los cuales eran hijos del mismo padre pero de diferente madre y esto les llevó a una gran disputa por obtener el trono el cual hasta la llegada de los españoles jamás pudieron amistarse su odio fue tan grande que al final Huáscar mando a matar a su hermano, lo cual luego una de las causas principales para que los españoles mataran a Atahualpa.